American Journal of Botany 97(1): 49-58. 2010. Data Supplement S3- page



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H_vulgare AGTCCCATCT GCTATAGCTT GAAGCAGGCC CAGGGGGCCA GCATATTCAG

T_aestivum AGTCCCATCT GCTATAGCTT GAAGCAGGCC CAGGGGGCCA GCATATTCAG
12201 12250

A_stolonifera GACCAATACG TTGTTGTATC GACGCAGATA TTTCTCTTTC TAACCACACA

F_arundinaceum GACCAATACG TGGTTGTATC CATGCAAATA TTTCTCTTTC TAACCATACA

L_perenne GACCAATACG TTGTTGTATC GATGCAGATA TTTCTCTTTC TAACCACACA

B_distachyon GACCAATGCG TTGTTGGATC GAAGCGGATA TTTCTCTTTC TAACCAAACA

O_nivara GACCAATACG TTGTTGTATC GATGCGGATA TTTCTCTTTC TAACCACACA

O_sativa GACCAATACG TTGTTGTATC GATGCGGATA TTTCTCTTTC TAACCACACA

S_bicolor GACCAATACG TTGTTGTATC GATGCGGATA TTTCTCTTTC TAACCACACA

S_officinarum GACCAATACG TTGTTGTATC GATGCGGATA TTTCTCTTTC TAACCACACA

Z_mays GACCAATACG TTGTTGTATC GATGCGGATA TTTCTCTTTC TAACCACACA

P_aphrodite .......... .......... .......... .......... ..........

H_vulgare GACCAATACG TTGTTGTATC GACGCAGATA TTTCTCTTTC TAACCACACA

T_aestivum GACCAATACG TTGTTGTATC GACGCAGATA TTTCTCTTTC TAACCACACA
12251 12300

A_stolonifera ATTACGAGTA CCTCTATTGT GATTCCCAAA AGCAGGGTCA AAATGGGTAG

F_arundinaceum ATTACAAATA CCTCTATTGT AATTCCCAAA AGGAGGCCCA AAATGGGTAA

L_perenne ATTACGAGTA CCTCTATTGT GATTCCCAAA AGGAGGCTCA AAATGGGTAG

B_distachyon ATTACGAGTA CTTCTATTGT GATTCCCAAA AGAAGGGTCA AAATGGGTAG

O_nivara ATTACGAGTA CTTCTATTGT GATTCCCAGT AAGAGGGTCA AAATGGGTAG

O_sativa ATTACGAGTA CTTCTATTGT GATTCCCAGT AAGAGGGTCA AAATGGGTAG

S_bicolor ATTACGAGTA CTTCTATTGT GATTCCCAGT AGGAGGGCCA AAATGGGTAG

S_officinarum ATTACGAGTA CTTCTATTGT GATTCCCAGT AGGAGGGCCA AAATGGGTAG

Z_mays ATTACGAGTA CTTCTATTGT GATTCCCAGT AGGAGGGCAA AAATGGGTAG

P_aphrodite .......... .......... .......... .......... ..........

H_vulgare ATTACGAGTA CCTCTATTGT AATTCCTAAA AGGAGGGTCA AAATGGGTAG

T_aestivum ATTACGAGTA CCTCTATTGT TATTCCCAAA AGGAGGGTCA AAATGGGTAG
12301 12350

A_stolonifera AATCGATATG AGTCCATAGA CTTCTTTTAA TAATTCCAAT TTCGAAAAAG

F_arundinaceum AATCGATATG AGTCCATAGA CTTCTTTTAA TAATTCTGAT TTCGAAAAAG

L_perenne AATCGATATG AGTCCATAGA CTTCTTTTAA TAATTCTGAT TTCGAAAAAG

B_distachyon AATCCATATA AGTCCATAGA TTTCTTTTAA TAATTCTGAT TTCGAAAAAG

O_nivara AATCCATATC AGTCCATAGA CTTCTTTTAA TAATTCCAAG TTCGAAAAAG

O_sativa AATCCATATC AGTCCATAGA CTTCTTTTAA TAATTCCAAG TTCGAAAAAG

S_bicolor AATCCATATA AGTCCGTAGA TTTCTTTTAA TAATTCCGAT TTCGAAAAAG

S_officinarum AATCCATATA AGTCCGTAGA TTTCTTTTAA TAATTCCGAT TTCGAAAAAG

Z_mays AATCCATATA AGTCCGTAGA TTTCTTTAAA TAATTCCGAT TTCGAAAAAG

P_aphrodite .......... .......... .......... .......... ..........

H_vulgare AATCGATATC AGTCCATAGA CTTCTTTTAA TAATTCCGAT TTCGAAAAAG

T_aestivum AATCGATATC AGTCCATAGA CTTCTTTTAA TAATTCCAAT TTCCAAAAAG
12351 12400

A_stolonifera AATTGATAGT TTCTACTTCT ACCCTATCTA TTATCAT... ..........

F_arundinaceum AATTGATAAT TTCTACTTCT ACCCTATCTA TTATCAT... ..........

L_perenne AATTGATAAT TTCTACTTCT ACCCTATCTA TTATCA.... ..........

B_distachyon AATTGAGAGT TTCTACCTCT ACCCTATCTA TTATCATTTC AACGATCAAC

O_nivara AATTGATAGC TTCTACCTGT ACCCTGTCTA TTATCA.... ..........

O_sativa AATTGATAGC TTCTACCTGT ACCCTGTCTA TTATCATT.. ..........

S_bicolor AATTGATAGT TTCTACCTCT ACCCTATCTA TTATCA.... ..........

S_officinarum AATTGATAGT TTCTACCTCT ACCCTATCTA TTATCAT... ..........

Z_mays AATTGATAGT TTCTACCTCT ACCCTATCTA TTATCAT... ..........

P_aphrodite .......... .......... .......... .......... ..........

H_vulgare AATTGATAGT TTCTACCTCT ACCCTATCTA TTATCAT... ..........

T_aestivum AATTGATAGT TTCTACCTCT ACCCTATCTA TTATCAT... ..........
12401 12450

A_stolonifera .......... .......... .......... .......... ..........

F_arundinaceum .......... .......... .......... .......... ..........

L_perenne .......... .......... .......... .......... ..........

B_distachyon TTCCCCCATA ATGATATCTA TACTACCTAA TATCGTCATG ATATCAGCCA

O_nivara .......... .......... .......... .......... ..........

O_sativa .......... .......... .......... .......... ..........

S_bicolor .......... .......... .......... .......... ..........

S_officinarum .......... .......... .......... .......... ..........

Z_mays .......... .......... .......... .......... ..........

P_aphrodite .......... .......... .......... .......... ..........

H_vulgare .......... .......... .......... .......... ..........

T_aestivum .......... .......... .......... .......... ..........
12451 12500

A_stolonifera .......... .......... .......... .......... ..........

F_arundinaceum .......... .......... .......... .......... ..........

L_perenne .......... .......... .......... .......... ..........

B_distachyon ATTTCATTTT TTTAACTAAC TGAGGAAGAA TTTGCAAATT AATAAAACCG

O_nivara .......... .......... .......... .......... ..........

O_sativa .......... .......... .......... .......... ..........

S_bicolor .......... .......... .......... .......... ..........

S_officinarum .......... .......... .......... .......... ..........

Z_mays .......... .......... .......... .......... ..........

P_aphrodite .......... .......... .......... .......... ..........

H_vulgare .......... .......... .......... .......... ..........

T_aestivum .......... .......... .......... .......... ..........
12501 12550

A_stolonifera .......... .......... .......... .......... ..........

F_arundinaceum .......... .......... .......... .......... ..........

L_perenne .......... .......... .......... .......... ..........

B_distachyon GGTGGACGAA TTTTCCATCT CCAGGGAAAA AGGCCATCAT CTCCTACTAG

O_nivara .......... .......... .......... .......... ..........

O_sativa .......... .......... .......... .......... ..........

S_bicolor .......... .......... .......... .......... ..........

S_officinarum .......... .......... .......... .......... ..........

Z_mays .......... .......... .......... .......... ..........

P_aphrodite .......... .......... .......... .......... ..........

H_vulgare .......... .......... .......... .......... ..........

T_aestivum .......... .......... .......... .......... ..........
12551 12600

A_stolonifera .......... .......... .......... .......... ..........

F_arundinaceum .......... .......... .......... .......... ..........

L_perenne .......... .......... .......... .......... ..........

B_distachyon ATAAATCCCT AATTCACCTT TGGGGGCTTC TATTCTTACG TAAAGCTCTT

O_nivara .......... .......... .......... .......... ..........

O_sativa .......... .......... .......... .......... ..........

S_bicolor .......... .......... .......... .......... ..........

S_officinarum .......... .......... .......... .......... ..........

Z_mays .......... .......... .......... .......... ..........

P_aphrodite .......... .......... .......... .......... ..........

H_vulgare .......... .......... .......... .......... ..........

T_aestivum .......... .......... .......... .......... ..........
12601 12650

A_stolonifera .......... .......... .......... .......... ..........

F_arundinaceum .......... .......... .......... .......... ..........

L_perenne .......... .......... .......... .......... ..........

B_distachyon GCTTTGACAA TTCGAAATTG GGTGAAGGTT TTTTACCAAG AAATCGATAT

O_nivara .......... .......... .......... .......... ..........

O_sativa .......... .......... .......... .......... ..........

S_bicolor .......... .......... .......... .......... ..........

S_officinarum .......... .......... .......... .......... ..........

Z_mays .......... .......... .......... .......... ..........

P_aphrodite .......... .......... .......... .......... ..........

H_vulgare .......... .......... .......... .......... ..........

T_aestivum .......... .......... .......... .......... ..........
12651 12700

A_stolonifera .......... .......... .......... .......... ..........

F_arundinaceum .......... .......... .......... .......... ..........

L_perenne .......... .......... .......... .......... ..........

B_distachyon TCAAAATCAT TCCATTCGGA ATTCTTTTCT TTCTTAAAGC GACGGACTTC

O_nivara .......... .......... .......... .......... ..........

O_sativa .......... .......... .......... .......... ..........

S_bicolor .......... .......... .......... .......... ..........

S_officinarum .......... .......... .......... .......... ..........

Z_mays .......... .......... .......... .......... ..........

P_aphrodite .......... .......... .......... .......... ..........

H_vulgare .......... .......... .......... .......... ..........

T_aestivum .......... .......... .......... .......... ..........
12701 12750

A_stolonifera .......... .......... .......... .......... ..........

F_arundinaceum .......... .......... .......... .......... ..........

L_perenne .......... .......... .......... .......... ..........

B_distachyon TAAATTTTCA TAAGGTCCTC CAGGAATTTT CTCTACAGCT TGTTGAATAA

O_nivara .......... .......... .......... .......... ..........

O_sativa .......... .......... .......... .......... ..........

S_bicolor .......... .......... .......... .......... ..........

S_officinarum .......... .......... .......... .......... ..........

Z_mays .......... .......... .......... .......... ..........

P_aphrodite .......... .......... .......... .......... ..........

H_vulgare .......... .......... .......... .......... ..........

T_aestivum .......... .......... .......... .......... ..........
12751 12800

A_stolonifera .......... .......... .......... .......... ..........

F_arundinaceum .......... .......... .......... .......... ..........

L_perenne .......... .......... .......... .......... ..........

B_distachyon TTTTGATAGA TTCTCTCATT TCACCGATTC GTACTAAATA GCGAGCTAAT

O_nivara .......... .......... .......... .......... ..........

O_sativa .......... .......... .......... .......... ..........

S_bicolor .......... .......... .......... .......... ..........

S_officinarum .......... .......... .......... .......... ..........

Z_mays .......... .......... .......... .......... ..........

P_aphrodite .......... .......... .......... .......... ..........

H_vulgare .......... .......... .......... .......... ..........

T_aestivum .......... .......... .......... .......... ..........
12801 12850

A_stolonifera .......... .......... .......... .......... ..........

F_arundinaceum .......... .......... .......... .......... ..........

L_perenne .......... .......... .......... .......... ..........

B_distachyon GAATCTCCTT CTTTTTGCCA TTGGACTTTC CAACCAAATT GGTTGTAAGA

O_nivara .......... .......... .......... .......... ..........

O_sativa .......... .......... .......... .......... ..........

S_bicolor .......... .......... .......... .......... ..........

S_officinarum .......... .......... .......... .......... ..........

Z_mays .......... .......... .......... .......... ..........

P_aphrodite .......... .......... .......... .......... ..........

H_vulgare .......... .......... .......... .......... ..........

T_aestivum .......... .......... .......... .......... ..........
12851 12900

A_stolonifera .......... .......... .......... .......... ..........

F_arundinaceum .......... .......... .......... .......... ..........

L_perenne .......... .......... .......... .......... ..........

B_distachyon CTCATAAAGA TCTACTTTAC GAAGATCCCA TCGTATTCCA GAAGCTCGTA

O_nivara .......... .......... .......... .......... ..........

O_sativa .......... .......... .......... .......... ..........

S_bicolor .......... .......... .......... .......... ..........

S_officinarum .......... .......... .......... .......... ..........

Z_mays .......... .......... .......... .......... ..........

P_aphrodite .......... .......... .......... .......... ..........

H_vulgare .......... .......... .......... .......... ..........

T_aestivum .......... .......... .......... .......... ..........
12901 12950

A_stolonifera .......... .......... .......... .......... ..........

F_arundinaceum .......... .......... .......... .......... ..........

L_perenne .......... .......... .......... .......... ..........

B_distachyon ACATGGGTCC TGATAAGCCC CAATTTACTG CTTCTTCTCC GCTAATAAAA

O_nivara .......... .......... .......... .......... ..........

O_sativa .......... .......... .......... .......... ..........

S_bicolor .......... .......... .......... .......... ..........

S_officinarum .......... .......... .......... .......... ..........

Z_mays .......... .......... .......... .......... ..........

P_aphrodite .......... .......... .......... .......... ..........

H_vulgare .......... .......... .......... .......... ..........

T_aestivum .......... .......... .......... .......... ..........
12951 13000

A_stolonifera .......... .......... .......... .......... ..........

F_arundinaceum .......... .......... .......... .......... ..........

L_perenne .......... .......... .......... .......... ..........

B_distachyon CCTACTCGCT CAACTCGTTC CAAAAAAATA GGATTCTGTG TAATAAGTTG

O_nivara .......... .......... .......... .......... ..........

O_sativa .......... .......... .......... .......... ..........

S_bicolor .......... .......... .......... .......... ..........

S_officinarum .......... .......... .......... .......... ..........

Z_mays .......... .......... .......... .......... ..........

P_aphrodite .......... .......... .......... .......... ..........

H_vulgare .......... .......... .......... .......... ..........

T_aestivum .......... .......... .......... .......... ..........
13001 13050

A_stolonifera .......... .......... .......... .......... ..........

F_arundinaceum .......... .......... .......... .......... ..........

L_perenne .......... .......... .......... .......... ..........

B_distachyon TTGATATTCA ACAACTCCCC GTAAAAAATA ATCACAGAAA TCTAAGCATT

O_nivara .......... .......... .......... .......... ..........

O_sativa .......... .......... .......... .......... ..........

S_bicolor .......... .......... .......... .......... ..........

S_officinarum .......... .......... .......... .......... ..........

Z_mays .......... .......... .......... .......... ..........

P_aphrodite .......... .......... .......... .......... ..........

H_vulgare .......... .......... .......... .......... ..........

T_aestivum .......... .......... .......... .......... ..........
13051 13100

A_stolonifera .......... .......... .......... .......... ..........

F_arundinaceum .......... .......... .......... .......... ..........

L_perenne .......... .......... .......... .......... ..........

B_distachyon TCTCGATCCA TCCATAAGGT AGATCGGCGG CTACTCCTCC GATGCGAAAG

O_nivara .......... .......... .......... .......... ..........

O_sativa .......... .......... .......... .......... ..........

S_bicolor .......... .......... .......... .......... ..........

S_officinarum .......... .......... .......... .......... ..........

Z_mays .......... .......... .......... .......... ..........

P_aphrodite .......... .......... .......... .......... ..........

H_vulgare .......... .......... .......... .......... ..........

T_aestivum .......... .......... .......... .......... ..........
13101 13150

A_stolonifera .......... .......... .......... .......... ..........

F_arundinaceum .......... .......... .......... .......... ..........

L_perenne .......... .......... .......... .......... ..........

B_distachyon TAATTGTGCA TCATTCGCAT ACCTGTAGCA GCTTCAAATA GATCGTATAT

O_nivara .......... .......... .......... .......... ..........

O_sativa .......... .......... .......... .......... ..........

S_bicolor .......... .......... .......... .......... ..........

S_officinarum .......... .......... .......... .......... ..........

Z_mays .......... .......... .......... .......... ..........

P_aphrodite .......... .......... .......... .......... ..........

H_vulgare .......... .......... .......... .......... ..........

T_aestivum .......... .......... .......... .......... ..........
13151 13200

A_stolonifera .......... .......... .......... .......... ..........

F_arundinaceum .......... .......... .......... .......... ..........

L_perenne .......... .......... .......... .......... ..........

B_distachyon TAACTCTCTC TCTCTAAAAA TGTAGAAAAA AGGAGTCTGT GCGCCGAGAT

O_nivara .......... .......... .......... .......... ..........

O_sativa .......... .......... .......... .......... ..........

S_bicolor .......... .......... .......... .......... ..........

S_officinarum .......... .......... .......... .......... ..........

Z_mays .......... .......... .......... .......... ..........

P_aphrodite .......... .......... .......... .......... ..........

H_vulgare .......... .......... .......... .......... ..........

T_aestivum .......... .......... .......... .......... ..........
13201 13250

A_stolonifera .......... .......... .......... .......... ..........

F_arundinaceum .......... .......... .......... .......... ..........

L_perenne .......... .......... .......... .......... ..........

B_distachyon CCGCCATAAA AGGCCCAAGC CATAATAAGT GAGAAGCTAT ACGGCTCAAC

O_nivara .......... .......... .......... .......... ..........

O_sativa .......... .......... .......... .......... ..........

S_bicolor .......... .......... .......... .......... ..........

S_officinarum .......... .......... .......... .......... ..........

Z_mays .......... .......... .......... .......... ..........

P_aphrodite .......... .......... .......... .......... ..........

H_vulgare .......... .......... .......... .......... ..........

T_aestivum .......... .......... .......... .......... ..........
13251 13300

A_stolonifera .......... .......... .......... .......... ..........

F_arundinaceum .......... .......... .......... .......... ..........

L_perenne .......... .......... .......... .......... ..........

B_distachyon TCTAACATAA TTACCCTAAT ATAGCTGGCT CTTTGGGGTA TTTGAATATT

O_nivara .......... .......... .......... .......... ..........

O_sativa .......... .......... .......... .......... ..........

S_bicolor .......... .......... .......... .......... ..........

S_officinarum .......... .......... .......... .......... ..........

Z_mays .......... .......... .......... .......... ..........

P_aphrodite .......... .......... .......... .......... ..........

H_vulgare .......... .......... .......... .......... ..........

T_aestivum .......... .......... .......... .......... ..........
13301 13350

A_stolonifera .......... .......... .......... .......... ..........

F_arundinaceum .......... .......... .......... .......... ..........

L_perenne .......... .......... .......... .......... ..........

B_distachyon TTCTAAGAAT TCTGGTGCAT TTACCGTTAT TGCTTCTGTA AACATAGTAG

O_nivara .......... .......... .......... .......... ..........

O_sativa .......... .......... .......... .......... ..........

S_bicolor .......... .......... .......... .......... ..........

S_officinarum .......... .......... .......... .......... ..........

Z_mays .......... .......... .......... .......... ..........

P_aphrodite .......... .......... .......... .......... ..........

H_vulgare .......... .......... .......... .......... ..........

T_aestivum .......... .......... .......... .......... ..........
13351 13386

A_stolonifera .......... .......... .......... ......

F_arundinaceum .......... .......... .......... ......

L_perenne .......... .......... .......... ......

B_distachyon CTAAATAATC CCACCGTGTT ACATAAGGTA AGTATT

O_nivara .......... .......... .......... ......

O_sativa .......... .......... .......... ......

S_bicolor .......... .......... .......... ......

S_officinarum .......... .......... .......... ......

Z_mays .......... .......... .......... ......

P_aphrodite .......... .......... .......... ......

H_vulgare .......... .......... .......... ......



T_aestivum .......... .......... .......... ......

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