Promotor: Prof. Dr ir. J. Swings Begeleiding: Drs. R. Temmerman



Dovnload 15.51 Kb.
Datum19.08.2016
Grootte15.51 Kb.
Studie van probiotica en optimalisatie van DGGE voor darmflora onderzoek
Promotor: Prof. Dr. ir. J. Swings

Begeleiding: Drs. R. Temmerman

Situering van het onderwerp :

Reeds vele jaren worden gefermenteerde zuivelprodukten gebruikt ter bevordering van de gezondheid. Bovenop de klassieke yoghurt-produkten die de starterculturen Streptococcus thermophilus en Lactobacillus bulgaricus bevatten, kwamen er de laatste jaren vele probiotische produkten op de markt die additionele bacteriële stammen bevatten; bvb. Actimel (Lactobacillus casei immunitas) en Yakult (Lactobacillus casei Shirota). De toegevoegde stammen behoren tot de melkzuur-bacteriën met oa de genera Lactobacillus, Bifidobacterium, Streptococcus, Enterococcus, etc.. Deze probiotische bacteriën hebben gezondheidsbevorderende eigenschappen die via verscheidene aspecten tot stand worden gebracht; denken we oa. aan immuniteitsbevordering, pathogeen-competitie, tegengaan van lactose intolerantie en preventie van antibioticum-geïnduceerde diarree. Verder onderzoek is vereist om de functionaliteit en kwaliteit van deze produkten te garanderen en deze thesis zal bijdragen tot de kwaliteitsscreening van een aantal produkten en het opstellen van een methode voor de analyse van de darmflora waar deze produkten hun effecten uitoefenen.


Te gebruiken technieken :

Met een aantal selectieve media zal begonnen worden met de isolatie van de bacteriestammen aanwezig in een aantal probiotische produkten. Deze isolaten worden dan geïdentificeerd mbv SDS-PAGE (Sodium Dodecyl Sulphate – Polyacrylamide Gelelektroforese) van de cellulaire eiwitten. De isolaten worden vervolgens met de Kirby-Bauer Disc Diffusion Method getest op de mogelijke resistentie tegen een aantal antibiotica. Het grootste gedeelte van de thesis zal de werkingsoptimalisatie zijn van de Denaturing Gradient Gel Electrophoresis (DGGE-) techniek (incl. PCR-protocol) om een studie van de menselijke darmflora mogelijk te maken. Bij DGGE wordt DNA van gelijke lengte (bekomen na DNA-extractie en PCR) gescheiden op basis van sequentieverschillen door een gradiënt aan te leggen in het gel van denaturerende stoffen (ureum, formamide). Gebruik van computerprogramma’s zoals GelCompar en BioNumerics laat toe om de verzamelde data te interpreteren en tot besluitvorming te komen.




Moleculaire karakterisering van tetracycline resistentiegenen bij melkzuurbacteriën geïsoleerd uit de voeding
Promotor: Prof. Dr. ir. J. Swings

Begeleiding: Dr. Geert Huys en Drs. Dirk Gevers

1. Situering van het onderwerp

Melkzuurbacteriën (MZB) zijn van groot economisch belang in de voedingsindustrie (vb. probiotica, yoghurt, gefermenteerde droge worst…), en zijn de jongste jaren een steeds belangrijker rol gaan spelen in de problematiek rondom het ontstaan en de verspreiding van antibiotica resistenties in menselijke populaties. Het voorgestelde scriptie onderwerp kadert meer concreet in een onderzoeksproject omtrent de moleculaire karakterisering en fylogenie van tetracycline resistentie genen (de zg. tet genen) in voedsel-geassocieerde MZB. Hierbij wordt nagegaan welke taxa binnen de MZB voorname gastheren zijn van welke tet genen, en in welke mate onderlinge verwantschapsbepalingen door gensequenering nieuwe inzichten kan opleveren in de evolutie van van tet genen.


2. Te gebruiken technieken

Technieken die hiervoor aan bod zullen komen zijn (i) genomische fijntypering m.b.v. rep-PCR voor de identificatie van de isolaten, (ii) fenotypische bepaling van de resistenties d.m.v. diffusie- en dilutiemethodes, (iii) PCR-gebaseerde genotypische detectie en karakterisering van tet genen d.m.v. restrictie enzym analyse (REA) en sequentie analyse, en (iv) lokalisatie van tet genen m.b.v. plasmide profilering en Southern blotting.

Een sterke motivatie met betrekking tot het voorgestelde onderwerp en een gedisciplineerde aanpak van het praktisch werk in een losse labosfeer vormen belangrijke pluspunten.



Genotypische identificatie en fijntypering van melkzuurbacteriën uit probiotica en klinische specimen
Promotor: Prof. Dr. ir. J. Swings

Begeleiding: Dr. M. Vancanneyt

1. Situering van het onderwerp

Probiotica zijn microbiele voedingsupplementen die de gezondheid van de gastheer bevorderen. Veel van deze produkten worden reeds decennia lang gebruikt en hebben een positieve invloed op de microflora van het gastrointestinale stelsel. Ze omvatten vnl. melkzuurbacteriën (MZB) die als gefermenteerde zuivelprodukten, poeders, capsules of tabletten voor de consument beschikbaar zijn. De bacteriën gebruikt als probiotica behoren gewoonlijk tot de genera Lactobacillus, Lactococcus, Bifidobacterium of Enterococcus. Recente klinische studies tonen echter aan dat verschillende van deze organismen ook geassocieerd kunnen zijn met humane infecties, en dat ze een rol kunnen spelen in de verspreiding van antibiotica resistentie genen.

Veel stammen uit probiotische produkten zijn benoemd op basis van eenvoudige fenotypische testen, en de speciesidentificatie is op heden (o.a. door het sterk toegenomen aantal taxa) veelal niet meer accuraat. In dit onderzoek willen we met geautomatiseerde genotypische technieken een referentiekader uitbouwen om deze stammen correct te (her)identificeren. Ook verwante humane klinische stammen zullen in de studie worden ingesloten. De geplande typeringen moeten toelaten om probiotische stammen te onderscheiden van potentieel pathogene isolaten.
2. Te gebruiken technieken

Technieken voor (intra-)species identificatie die hiervoor aan bod zullen komen zijn o.a. amplified fragment length polymorphism (AFLP) en PCR typering van repetitieve DNA elementen (rep-PCR). Op stamniveau zal tevens gebruik worden gemaakt van pulsed-field gel electroforese (PFGE). Het resolutievermogen van deze genotypische technieken voor karakterisering van MZB zal worden geëvalueerd.




Indentificatie van bioactive chinese streptomyces isolaten M.B.V. moderne genomische technieken
Promotor: Prof. Dr. ir. J. Swings

Begeleiding: Drs. B. Lanoot

1. Situering van het onderwerp

Het genus Streptomyces omvat een groep van filamenteuze grondbacteriën die in staat zijn secundaire metabolieten te produceren zoals chitinasen, enzyme inhibitoren en vooral antibiotica. Door deze interessante eigenschap is er veel interesse naar deze organismen vanuit de agro-farmaceutische sector.

De classificatie van organismen in het genus is nog steeds grotendeels gebaseerd op het gebruik van morfologische en metabolische eigenschappen. Recente taxonomische studies die gebruik maken van moderne moleculaire technieken bevestigen dat de traditionele classificaties niet de natuurlijke verwantschappen weergeven. De omvang van het genus met meer dan 500 species maakt taxonomische studies uitermate arbeidsintensief. In een vorig onderzoek werden reeds databanken opgesteld met rep-PCR en tRNA-spacer PCR fingerprints van alle geldig beschreven species. Deze databanken laten ons toe om in deze thesis (1) de bestaande classificaties op een polyfasische basis te evalueren en te verbeteren door het opsporen van mogelijke synonymen. (2) nieuwe isolaten op een accurate en snellere manier te identificeren.
2. Te gebruiken technieken

Uitvoeren van voornamelijk 16S rDNA sequentiebepalingen / ARDRA en DNA-DNA hybridisaties op Streptomyces referentie stammen. Bovendien zullen rep-PCR & tRNA spacer PCR uitgevoerd worden op Chinese bioactieve Streptomyces isolaten ter identificatie.




: ~idegrem
~idegrem -> Tweede licentie Biologie Samengesteld door de ocbiologie
~idegrem -> Simultane expressie-analyse van alle bekende genen betrokken bij de Fenylpropanoid-biosynthese in Arabidopsis
~idegrem -> E. Coppejans Morfologisch – anatomische studie in het genus Grateloupia
~idegrem -> Studie van hybridogene planten in de familie Bromeliaceae
~idegrem -> Promotor: Prof. Dr. A. Vanreusel Copromotor: Prof. Dr. J. Vanfleteren Begeleiding: Drs. Thomas Remerie
~idegrem -> Taxonomisch en autecologisch onderzoek van bepaalde mariene groen-, bruin- en roodwieren van de Indische Oceaan voor meerdere studenten toegankelijk
~idegrem -> Promotor: Prof. Dr. M. Vincx Begeleiding: Drs. W. Bonne
~idegrem -> Polyfasische karakterisering van bacillus contaminanten in een gelatineproductieketen
~idegrem -> Promotor: Prof. Dr. W. Vyverman Begeleiding: Drs. V. Chepurnov, Dr. K. Sabbe, Drs. K. Vanhoutte
~idegrem -> Taxonomie en fylogenie van de Limnocytherinae (Ostracoda) van het Titicacameer en andere laguna's op de Boliviaanse altiplano




De database wordt beschermd door het auteursrecht ©opleid.info 2019
stuur bericht

    Hoofdpagina