Voorbeelden van examenvragen Celbiologie deel 1, Claessens



Dovnload 73.93 Kb.
Datum30.09.2016
Grootte73.93 Kb.

Voorbeelden van examenvragen Celbiologie deel 1, Claessens

Opgelet, wellicht worden de vragen op het examen anders geformuleerd.



Tien definities (in 15 minuten) – max. 3 regels

Rood = definities uit de lijst van prof. Claessens

Blauw = zelf gevonden definities

Groen = pagina’s waarvan deze informatie komt uit de cursus van prof. Claessens



Oranje = pagina’s waarvan deze informatie komt uit de LODISH (meestal uit de glossary!)


  1. acceptorstam: uiteinde van de aminozuren aan het 3’ ribose, verbonden door het aminoacyl-tRNA-synthetase p.68

  2. acetylering van histonen :

  3. acridine oranje:

  4. adenine: is een base, meer bepaald een purine, DNA bevat deze base + ook de basen: guanine, thymine en cytosine p.13

  5. adenosine : wanneer een adenine verbonden is aan een ribose spreekt men van een adenosine p.13

  6. afgescheiden: levende organismen zijn afgescheiden van hun leefomgeving door een celmembraan of celwand en de samenstelling van de inhoud is sterk verschillend van/complexer dan deze van de omgeving p.2

  7. aflatoxine:

  8. agarose: een hydrofiel, niet-ionisch, sterk gellerend polysaccharide dat uit zeewier wordt gezuiverd en dat men kan oplossen door verwarming. Na afkoeling van de oplossing zal zich een gel vormen (agarosegel), dat wordt gebruikt bij DNA elektroforese p.20

  9. -amanitine: verschillende concentraties aan -amanitine inhiberen de drie RNA polymerasen waardoor je ze kan onderscheiden p.55

  10. -helix: secundaire structuur, die veel voorkomt in proteïnen, in dewelke de lineaire sequentie van de aminozuren is opgevouwen in een rechtsdraaiende spiraal, gestabiliseerd door waterstofbruggen tussen carboxyl- en amide-groepen in het backbone p.G-1

  11. -subunits: zorgen voor de assemblage van het complex en de interacties met activatoren (< RNA polymerase) p.54

  12. AIDS: Acquired Immune Deficiency Syndrome p.15

  13. alkylering: aanhechting van groepen op basis van koolstof aan de basen in het DNA (komt frequent voor o.w.v. het feit dat het DNA een aantal atomen bevat die zeer goede substraten zijn voor de electrofiele aanvallen) p.39

  14. alkaptonurie: afwijking/ziekte t.g.v. een defect gen (

  15. alternatieve splicing: splicing die afhankelijk van de situatie één of meerdere exons mee ‘uit-spliced’, geeft aanleiding tot variaties in eiwitten, aangezien er op deze manier delen van het eiwit al dan niet aanwezig zijn p.67

  16. Amestest: test die nagaat of een stof al dan niet kankerverwekkend is door bepaling van de mutagene eigenschappen p.47-48

  17. aminoacyl-tRNA synthetase p.68-69-70

  18. androgenen : typische mannelijke hormonen die in de testis worden aangemaakt en zich verspreiden over het hele lichaam, zorgen ervoor dat de uiterlijke kenmerken van de man tot expressie komen p. 35

  19. androgen insensitivity syndroom : een inactiverende mutatie in het gen (oorzaak: verandering in 1 base) dat codeert voor de androgeenreceptor zorgt ervoor dat die persoon ontwikkelt tot een vrouwelijk fenotype, terwijl zij genotypisch toch 46XY (man) is p.35

  20. anticodon: gaat hybridiseren met de codons in het mRNA en bevindt zich op de anticodon-loop/ sequentie van 3 nucleotiden in een tRNA dat complementair is aan een codon in een mRNA. Tijdens de proteïnesynthese, zorgt baseparing tussen het codon en het anticodon ervoor dat het tRNA het corresponderende aminozuur kan aanreiken voor de groeiende polypeptideketen p.68 p.G-2

  21. anticodon-loop: in het midden van de tRNA sequentie, bevat het anticodon p.68

  22. anti-parallel: de twee DNA strengen van een dubbele helix zijn anti-parallel omdat de 5’ naar 3’ richtingen parallel zijn maar in de tegenovergestelde richting wijzen waarbij A met T en G met C associëren via waterstofbruggen p.16

  23. AP site: a-purine of a-pyrimidine site, ontstaat door de verwijdering van uracil uit het DNA door uracil DNA glycosylase en wordt herkend door een AP-endonuclease dat de esterbinding tussen het fosfaat aan de 5’koolstof en het 3’OH van het vorige nucleotide zal verbreken (bij de base excision repair) p.43

  24. Aureomycine: door de depositie van tetracyclines in tanden en bot zullen deze minder sterk zijn en fluoresceren bij UV-bestraling. Hier is Aureomycine een vb. van (behoort tot de antibiotica (?)) p.78

  25. AZT: 3’-azido-2’deoxythymidine, wordt gebruikt bij de behandeling van AIDS, het inhibeert het reverse transcriptase van het HIV virus p.15

  26. bacteriofagen: virussen van bacteriën/ eender welk virus dat bacteriële cellen infecteert. Sommige bacteriofagen worden gebruikt als ‘vectors’ in DNA cloning p.10 p.G-2

  27. bacteriostatisch: (wordt gezegd van een antibioticum) als het zorgt voor een tragere/stoppen van de groei van bacteriën p.78

  28. base excision repair: dit systeem zal veranderingen in basen, te wijten aan oxidatie of chemische modificaties, herstellen p.42-43

  29. beweging p.3

  30. B-helix p.16-17

  31. biochemie : wetenschappelijke discipline die zich bezig houdt met het bestuderen van chemische processen zoals ze zich voordoen in levende wezens, leven is één opeenvolging van chemische, complexe reacties, vbn van biochemische processen: voortplanting, groei, beweging, energiewinning p.4

  32. caffeïne: een inhibitor van het fosfodiesterase, het enzyme dat cAMP omzet in AMP, waardoor het de effecten van cAMP nog versterkt p.15

  33. (carbohydraten: koolwaterstoffen p.4 p.G-3)

  34. carboxyterminaal domein: bestaat uit de herhaling van een aminozuursequentie YSPTSPS, zit in RNA polymerase II, is gefosforyleerd bij een actief RNA polymerase p.60

  35. cap: beschermend kapje op het 5’uiteinde van het RNA (tijdens de transcriptie erop gezet) p.64-72

  36. capping: aanhechting van een gemodificeerd guanosine (modificatie van het 5e uiteinde van het RNA) via een 5’-5’ verbinding tussen de ribosen door het guanylyltransferase… onmiddellijk na de start van transcriptie, het plaatsen van een ‘cap’ op het 5’uiteinde van het RNA (enkel bij eukaryoten/deel van modificatie primair transcript) p.64

  37. cdc6:

  38. cel: basisstructuur van levende ogranismen, bestaat uit een zeer georganiseerde opbouw van proteïnen, lipiden, carbohydraten en nucleïnezuren in een waterig milieu, afgescheiden van de omgeving, kleinste functionele eenheid p.4

  39. (het) centrale dogma: van de moleculaire biologie: transcriptie van DNA resulteert in RNA en translatie van RNA resulteert in eiwitten (replicatie?) p.50

  40. Chloramphenicol: is een synthetisch antibioticum (bekend), het inhibeert de peptidyltransferase-activiteit van de 50S subeenheid waardoor de elongatie stopt. Dit is een bacteriotoxische stof omdat de bacteriën worden gedood p.78

  41. chromatine remodelling complex:

  42. complementair: basen worden complementair genoemd omdat ze waterstofbruggen kunnen vormen (A-2-T, G-3-C) en basenparen liggen in een vlak dat ongeveer loodrecht staat op de ruggengraat p.16

  43. codon: sequentie van 3 nucleotiden in DNA of mRNA, specifiek voor 1 aminozuur (tijdens proteïnesynthese), ook triplet genoemd, er zijn 64 mogelijke codons waarvan 3 stopcodons die niet specifiek voor 1 aminozuur staan, maar zorgen voor de terminatie van de synthese p.G-4

  44. consensussequentie: (van promotor-elementen): welbepaalde plaatsen van de sequentie rond een groot aantal transcriptiestartplaatsen waar de frequentie van voorkomen van bepaalde basen veel hoger is p.55-59

  45. copyDNA bank:

  46. crixivan:

  47. Cycloheximide: is een (bekend) antibioticum dat de peptidyltransferase activiteit inhibeert zowel bij pro- als eukaryoten. Daarom wordt het in laboratoria gebruikt als algemene inhibitor p.78

  48. cytidine: wanneer een cytosine verbonden is aan een ribose spreekt men van een cytidine p.13

  49. cytosine: is een base, meer bepaald een pyrimidine, DNA bevat deze base + ook de basen: adenine, guanine en thymine p.13

  50. deanimatie p.39

  51. degeneratie: een codon is gedegenereerd o.w.v. het feit dat bepaalde tripletten allen voor hetzelfde aminozuur coderen p.62

  52. deletie: soort mutatie die veel voorkomt nl. als één of meerdere nucleotiden verwijderd zijn p.37

  53. denaturatie: het uit elkaar halen van complementaire DNA strengen in een DNA oplossing (door verhoging van de temperatuur) p.19

  54. densiteitscentrifugatie: techniek van fractionering gebruikmakend van centrifugatie en het verschil in dichtheid/densiteit van de verschillende organellen of moleculen in een cellysaat. Men brengt verschillende lagen aan van oplossingen met een dalende concentratie aan sucrose (die zullen niet mengen). Vervolgens brengt men het celhomogenaat aan, bovenop deze gradiënt en al naar gelang hun densiteit zullen ze tijdens de centrifugatie terechtkomen in de sucroselaag met dezelfde densiteit (als huneigen) p.8

  55. depurinatie: het verwijderen van een purine door verbreken van de N-glycosidische binding (komt zeer frequent voor) p.38

  56. desoxyribose: suikers voorkomend in DNA, desoxyribose is een pentose p.12

  57. diagnostische testen p.34

  58. dimerisatie (van pyrimidines) p.40

  59. distorsie: (leidt tot een) a-specifieke helix structuur p.43

  60. DNA : deoxyribonucleïnezuur, erfelijke eigenschappen (of genen) zitten vervat in DNA p.10

  61. DNA glycosylasen: herkennen foute basen en zullen de N-glycosidebinding verbreken p.43

  62. DNA ligase: verbindt de twee uiteinden (3’OH en 5’fosfaat) van de nick (=opening)/ verbindt de Okazaki fragmenten (van de lagging strand) tijdens de DNA replicatie ter vorming van een continue DNA streng p.27 p.G-15

  63. DNA phosphodiesterase:

  64. DNA photolyase:

  65. DNA polymerase: DNA aanmaken/vervangen van bep. elementen p.25

  66. dominant: een gen is dominant als het kenmerk waarvoor het codeert prioriteit heeft op de andere genen p.5

  67. dubbele strengsbreuken p.40-41-46-47

  68. duplicatie: soort van mutatie die veel voorkomt nl. waarbij meerdere kopieën van een DNA fragment ontstaan p.37

  69. E. coli: Escherichia coli, bacterie die vaak wordt gebruikt in biochemische experimenten p.10

  70. electroforese: DNA elektroforese: wordt gebruikt om DNA te bekijken/ DNA moleculen van verschillende lengte te scheiden/ bepaalde DNA fragmenten op te zuiveren. Aangezien DNA negatief geladen (

  71. elongatie continue translatie van mRNA (proteïnesynthese) na de initiatie p. 33 p.G-7

  72. end-joining herstelmechanisme na dubbele strengsbreuken p.46

  73. endonuclease: AP-endonuclease: gaat de AP-site herkennen bij base excision repair en gaat dan de esterbinding tussen het fosfaat aan de 5’ koolstof en het 3’ OH van het vorige nucleotide verbreken (lands de 5’ kant van de AP-site dus) p.43

  74. energieopname – verbruik: ‘eten en drinken’, grondstof/energiebron, basis = zonlicht --> planten --> dieren,… p.3

  75. ethidiumbromide: is zeer carcinogeen, is een planaire stof die zich tussen de basenparen in dubbelstrengig DNA zet, het wordt gebruikt bij DNA electroforese: wanneer een agarosegel waarin DNA zit, wordt geincubeerd met EtBr, zal deze laatste dus ter hoogte van het DNA gaan zitten. EtBr fluoresceert wanneer het wordt belicht met UV licht. Na belichting weet men dus via fluorescentie waar het DNA zich bevindt p.20

  76. ethylmethanosulfonaat:

  77. euchromatine :

  78. eukaryoot RNA(/DNA?):

  79. eukaryoten: ‘moderner’ celtype, gekenmerkt door het feit dat ze wel een kern hebben/ klasse van organismen die bestaan uit 1 of meerdere cellen met een membraan-sluitende kern en organellen… p.4 p.G-7

  80. excinuclease :

  81. exon p.66

  82. exonuclease activiteit: p.26-42

  83. exonuclease centrum p.26

  84. expressieplasmiede :

  85. fosfo-anhybride(bindingen) p.13

  86. fosfodiesterase: knipt langs de 3’ kant van het deoxyribose waardoor er een opening ontstaat met een vrij 3’ OH uiteinde dat door een herstel DNA polymerase wordt herkend als primer p.43

  87. fosfodiesterbindingen: verbinding van ribosen in een DNA keten waarbij de 5’ koolstof van de ene deoxyribose via een fosfaatgroep met de 3’ koolstof van de vorige deoxyribose wordt verbonden p.14

  88. fotosynthese: proces waarbij planten H2O en CO2 uit de omgeving opnemen als basis voor de synthese van suikers/licht (?) p.3

  89. fotolyase: enzyme dat specifiek pyrimidine-dimeren herkent en de energie van UV nu net gebruikt om de dimerisatie teniet te doen (foto-activatie). Dit enzyme komt niet voor bij eukaryoten p.41

  90. Garrod: legde link tussen genen en biochemische processen door zijn onderzoek naar de afwijking alkaptonurie (i.s.m. Mendel) p.6

  91. gen: erfelijke eigenschap, informatie-bevattend element die de karakteristieken van een individu, maar ook van de sort waartoe dit individu behoort, bevat, ze coderen dus voor erfelijke eigenschappen, een gen is dominant/recessief/intermediair p.5-10

  92. general transcription factors: zijn nodig voor alle RNA polymerase II-afhankelijke promotoren, aangeduid met afkortingen TFIIA tot TFII I p.59-60

  93. gene replacement:

  94. genomische bank:

  95. genoom : totale/geheel van genetische informatie gedragen door een cel of een organisme p.G-9

  96. Gentamycine: net als Neomycine en Kanamycine; bekend antibioticum, geïsoleerd uit Streptomyces, zijn aminoglycosides die interfereren met het 16S RNA waardoor bij de codon-anticodon interacties fouten worden gemaakt. Hierdoor zullen bacteriën trager groeien, vandaar de term bacteriostatisch p.78

  97. Griffith: deed experiment (1944) waarbij 2 stammen van de bacterie Streptococcus pneumoniae werden vergeleken. Hij vond dat bacteriën de dragers van eigenschappen (of genen) uit hun omgeving kunnen opnemen (=transformatie). Met dit experiment werd voor de eerste maal aangetoond dat erfelijke eigenschappen (of genen) vervat zitten in het DNA p.9-10

  98. groei: toename in complexiteit van een levend organisme in de tijd --> volwassen stadium p.3

  99. guanine: is een base, meer bepaald een purine, DNA bevat deze base + ook de basen: adenine, thymine en cytosine p.13

  100. guanine-7-methyltransferase p.64

  101. guanosine: wanneer een guanine verbonden is aan een ribose spreekt men van een guanosine p.13

  102. guanylyltransferase p.64

  103. gyrase: DNA gyrase: proces bij prokaryoten dat bij eukaryoten topoisomerase II wordt genoemd p.24

  104. helicase: een enzyme dat langs een DNA duplex beweegt door het gebruik van energie dat werd verkregen door ATP hydrolyse met als doel de scheiding/‘ontdraaiing’ van de 2 strengen. Dit is nodig alvorens DNA replicatie plaatsvindt p.G-10

  105. helix: (zie ook alfa-helix)

  106. Hershey-Chase: Hershey-Chase experiment (1952): vonden hetzelfde als Griffith, maar op een totaal andere manier nl. via culturen van E.Coli’s p.10-11

  107. heterochromatine : stukjes chromatine die hoog gecondenseerd en ‘transcriptionair’ inactief blijven tijdens de interphase p.G-10

  108. histonen : 1 van de verschillende kleine, belangrijke basic proteins, terug te vinden in het chromatine van alle eukaryote cellen, dat associeert met DNA in het nucleosoom p.G-10

  109. histonstaart :

  110. hybridisatie: fenomeen waarbij twee ‘losse’ complementaire strengen (

  111. hyperchromiciteit: van enkelstrengig DNA: fenomeen waarbij de absorptie van een DNA oplossing bij een bepaalde temperatuur (= smelttemperatuur) zal toenemen tot een volgende plateauwaarde p.19

  112. H2A :

  113. inhibitor: ‘remmer’, uitschakelaar <--> katalysator o.a. p.25

  114. insertie: soort mutatie die veel voorkomt nl. als één of meerdere nucleotiden werden ingevoegd p.37

  115. intercaleren: proces waarbij bepaalde stoffen zich tussen de basenparen gaan invoegen p.37

  116. intermediair: een gen is intermediair als het kenmerk waarvoor het codeert gelijkwaardig is aan de andere genen p.5

  117. interpretatie van prikkels: levend wezen gaat gegevens uit omgeving verzamelen en reageren op bepaalde condities (licht, gevaar, …) p.4

  118. intron: coderen niet voor een eiwit, liggen tussen de exons, zijn vrij kort, worden onmiddellijk na transcriptie uit het primair transcript verwijderd p.66

  119. Kanamycine: net als Neomycine en Gentamycine; bekend antibioticum, geïsoleerd uit Streptomyces, zijn aminoglycosides die interfereren met het 16S RNA waardoor bij de codon-anticodon interacties fouten worden gemaakt. Hierdoor zullen bacteriën trager groeien, vandaar de term bacteriostatisch p.78

  120. kankerverwekkende stof: een stof wordt kankerverwekkend (=mutageen) genoemd als ze mutaties in DNA veroorzaakt p.36

  121. klaverbladstructuur p.68

  122. kloneren: DNA cloning: recombinante DNA techniek waarbij specifieke cDNAs of fragmenten van genomisch DNA ingebracht worden in een cloning vector, die dan wordt ingebracht in gecultureerde gastcellen (bv. E. coli cellen) en worden bewaard tijdens de groei van de gastcellen; wordt ook gene cloning genoemd p.G-6

  123. knock out : knockout, gene: selectieve inactivatie van een specifiek gen door het te vervangen met een niet-functionele (verstoorde) allel in een, anders normaal, organisme p.G-12

  124. lagging strand: DNA streng waarvoor de aanmaak van Okazaki fragmenten nodig zijn om een complementaire streng aan te maken, aangezien DNA polymerasen enkel in de 5’-3’ richting polymeriseren en deze streng zich net andersom bevindt/ 1 van de 2 dochter DNA strengen, gevormd aan de replicatievork als korte, discontinue segmenten (Okazakifragmenten), die worden verbonden p.27 p.G-12

  125. leading strand: DNA streng waarop volledig processief een complementaire streng kan worden aangemaakt (op 2e DNA streng niet aangezien DNA polymerasen enkel in de 5’-3’ richting kunnen polymeriseren)/ 1 van de 2 dochter DNA strengen, gevormd aan de replicatievork door continue synthese van 5’ --> 3’ (dezelfde richting als de beweging van de replicatievork p.27 p.G-12

  126. leven: definitie bevat verschillende componenten/kenmerken (afgescheiden, energieopname – verbruik, groei, voortplanting, beweging, interpretatie van prikkels), die afz. vaak toepasbaar zijn op levenloze dingen, maar waarvan de combinatie vaak de meest correcte definitie van leven vormt (er zijn uitzonderingen!) p.2-3

  127. licensing factoren:

  128. Mendel: deed onderzoek naar genen (als drager van erfelijke informatie) p.6

  129. metalloprotease:

  130. mismatch repair: wanneer er foutieve baseparing optreedt tijdens de DNA replicatie, en deze aan de exonuclease proofreading-systemen van de DNA polymerasen is ontsnapt zal dit in prokaryoten herkend worden door specifieke eiwitten (MutS). Het foute DNA wordt hierna verwijderd en vervangen p.41-42

  131. modificatie p.79

  132. mRNA: messenger RNA/boodschapper RNA, bevat de boodschap of het open leesraam voor de vorming van eiwitten/ eender welk RNA dat instaat voor de volgorde van aminozuren in een proteïne. Het wordt geproduceerd door transcriptie van DNA door RNA polymerase. Bij eukaryoten ondergaat het initiële RNA product (primair transcript) een proces om tot functioneel mRNA te komen p.53-64 p.G-14

  133. mutageen: kankerverwekkend/ een chemische of fysische ‘stof’ die mutaties induceert p.47 p.G-14

  134. mutatie p.79

  135. Neomycine: net als Kanamycine en Gentamycine; bekend antibioticum, geïsoleerd uit Streptomyces, zijn aminoglycosides die interfereren met het 16S RNA waardoor bij de codon-anticodon interacties fouten worden gemaakt. Hierdoor zullen bacteriën trager groeien, vandaar de term bacteriostatisch p.78

  136. nick: opening (tussen het 3’ uiteinde van het DNA dat het RNA primertje vervangt en het DNA dat al werd gemaakt) p.27

  137. NTPs: ribonucleosidetrifosfaten (substraten onder deze vorm nodig voor de synthese van RNA) p.54

  138. nucleosoom : structurele eenheid van chromatine, bestaande uit een disk-vormig lichaam (?) van histonenproteïnen rond welke een 147-bp segment van DNA is gelegen p.G-15

  139. nucleoside: base verbonden aan een ribose via een N-β-glycosidische binding p.13

  140. nucleotide: indien een fosfaatgroep aan de 5’ koolstof verbonden is, spreekt men van nucleotiden/ een nucleoside met 1 of meer fosfaatgroepen, die eraan hangen via een esterbrug … p.13 p.G-15

  141. nucleotide excision repair: deze herkent grotere veranderingen in het DNA die resulteren in een a-specifieke helix structuur (distorsies). Dit repair systeem werd ontdekt bij de mens tijdens een onderzoek van de afwijking Xeroderma pigmentosum p.43-44

  142. nucleotide-tri-fosfaten: als er 3 fosfaatgroepen (= maximum) in serie aan het 5’ koolstofatoom hangen (via fosfo-anhybridebindingen) p.13

  143. Okazaki fragmenten: korte (<1000 basen), single-stranded DNA fragmenten die gevormd worden tijdens de synthese van de lagging strand bij DNA replicatie en snel aan elkaar worden gehangen door DNA ligase ter vorming van een continue DNA streng p.27 p.G-15

  144. oligonucleotide :

  145. ORC:

  146. ORF: open reading frame/open leesraam: opeenvolging van tripletten die niet overlappen en op elkaar aansluiten (geen basen ertussen) (hieruit bestaat de genetische code)/codes voor de eiwitten/ regio van een DNA sequentie die niet wordt verstoord door stopcodons in 1 van de triplet reading frames. Een ORF dat begint met een startcodon en verder minstens 100 codons ver uitreikt, heeft een hoge kans om een proteïne te decoderen p.62-72 p.G-15

  147. ORI: Origins Of Replication (Initiation?), specifieke DNA sequenties/plaatsen waar de replicatie wordt gestart/gecontroleerd p.24, 28-29-30!

  148. palindroom: palindromische sequentie : de onderste streng (die we van 5’ naar 3’, van rechts naar links lezen) heeft dezelfde sequentie als de bovenste streng p.18

  149. PCR : Polymerase Chain Reaction: techniek om een specifiek DNA segment te amplificeren in een complexe mix van meerdere cycli van DNA synthese voor korte oligonuclotide primers, gevolgd door een korte heat treatment ter scheiding van de complementaire strengen (???) p.G-16!

  150. pellet: materiaal dat zich verzamelt op de bodem na (differentiële ultra)centrifugatie, dit zijn de grotere/zwaardere celorganellen p.7

  151. peptidyltransferase (centrum) !! p.75-78

  152. plasmiden : minichromosomen bestaande uit klein circulaire DNA moleculen p.79

  153. polyadenylering: wanneer tijdens de transcriptie in het nieuw gemaakt RNA een specifiek polyadenylatiesignaal verschijnt, nl. de sequentie 5’AAUAAA-3’, dan zal dit herkend worden door specifieke enzymen die het RNA ongeveer 30 nucleotiden later in een 5’-CA-3’ motief gaan knippen. Het polyA-polymerase gaat vervolgens tot 250 adenines toevoegen aan het 3’OH uiteinde (niet processief). De polyA staart wordt herkend door het ‘polyA binding protein’ waardoor het beschermd wordt tegen afbraak en het RNA herkenbaar wordt als mRNA uiteinde (deel van modificatie primair transcript) p.64-65

  154. polyA-staart p.65-72

  155. polycistronisch: een mRNA (kunnen coderen voor verschillende eiwitten) wordt polycistronisch genoemd als de codes voor de eiwitten naast elkaar liggen op het mRNA p.72

  156. polymerase site p.26

  157. polypeptide : polymeer van aminozuren/ lineair polymeer van aminozuren die verbonden zijn door peptidebindingen. Een proteïne is een grote polypeptide die opgevouwen is in een 3-dimensionele vorm p.67 p.G-17

  158. polytene chromosomen : vergroot chromosoom dat bestaat uit vele parallelle kopieën van zichzelf gevormd door meerdere cycli van DNA replicatie zonder chromosomale scheiding… p.G-17

  159. primair transcript: het initiële RNA product (bij eukaryoten) dat exons en introns bevat en geproduceerd is door transcriptie van DNA en waarvan vele primaire transcripten nog een RNA processing moeten ondergaan om tot actief RNA te komen (dat nog een proces moet ondergaan om tot functioneel mRNA te komen) p.64-65-66 p.G-14,G-17

  160. primase: enzyme dat het 3’ OH uiteinde aanmaakt aan DNA polymerasen (nodig om nucleotiden vast te hechten). Primase maakt korte RNA fragmenten complementair aan enkelstrengig DNA, en is dus een RNA polymerase/ een gespecialiseerd RNA polymerase dat kleine stukjes RNA synthetiseerd die worden gebruikt als primers voor de DNA synthese p.25 p.G-17

  161. processief p.27-56

  162. prokaryoot RNA(/DNA?):

  163. prokaryoten: oudst bestaande celtype, gekenmerkt door het feit dat deze geen kern hebben/ klasse van organismen, waaronder ook de eubacteria en de archaea, die geen echte membraan-beperkende kern en andere organellen hebben p.4 p.G-17

  164. promotoren: (sequentie rond een groot aantal) transcriptiestartplaatsen/ DNA sequentie die de plaats van de transcriptie-initiatie voor een RNA polymerase bepaalt p.55 p.G-17

  165. proofreading: eventuele foute nucleotiden die toch zijn ingebouwd in de nieuwe streng zullen niet op correcte manier waterstofbruggen vormen, door proofreading worden deze fouten opgespoord en verwijderd door het exonuclease-centrum van DNA polymerasen p.26-41-69

  166. puffs :

  167. puntmutaties: veranderingen van basen (hiertoe behoren transversies/transities) p.37

  168. purine: is een base, voorbeelden van purines: adenine en guanine (in DNA)/ klasse van nitrogenous compounds die 2 ‘samengesmolten’ heterocyclische ringen bevatten. 2 purines, nl. adenine en guanine, zijn de basiscomponenten van nucleotides in DNA en RNA p.13 p.G-18

  169. pyrimidine: is een base, voorbeelden van pyrimidines: thymine en cytosine (in DNA)/ klasse van nitrogenous compounds die 2 ‘samengesmolten’ heterocyclische ringen bevatten. 2 pyrimidines, nl. cytosine en thymine, zijn de basiscomponenten van nucleotides in DNA; in RNA is thymine vervangen door uracil p.13 p.G-18

  170. reading frame: de sequentie van nucleotide triplets (codons) die loopt van een specifieke translation startcodon in een mRNA tot aan een stopcodon. Sommige mRNA’s kunnen transleren in verschillende polypeptides door het lezen in 2 verschillende reading frames (‘leesramen’) p.G-18

  171. recessief: een gen is recessief als het kenmerk waarvoor het codeert geen prioriteit heeft op de andere genen p.5

  172. restrictie-enzyme : restriction fragment: een specifiek DNA fragment dat ontstaat uit cleavage met een specifiek restrictie-enzyme. Deze fragmenten worden gebruikt in de productie van recombinante DNA moleculen en DNA cloning p.G-19

  173. replicatie: kopiëren van DNA p.21

  174. replicatievork: de replicatie van DNA start ter hoogte van de ORI waar het DNA uit elkaar gaat en de synthese van de nieuwe strengen naar links en rechts gebeurt. Hierdoor spreekt men van twee replicatievorken. Ter hoogte van deze replicatievorken zitten een aantal enzymen die nodig zijn voor de DNA synthese/ plaats in dubbelstrengig DNA waar de 2 strengen gescheiden worden and templated by these strands and addition of deoxyribonucleotides to each newly formed chain occurs; also called ‘growing fork’ p.24 p.G-19

  175. reverse transcriptase : d.w.z. het DNA synthetiseert op basis van een RNA template/ enzyme dat wordt terugvonden in retrovirussen. Het catalyseert een complexe reactie in welke een dubbelstrengig DNA wordt gesynthetiseerd uit een enkelstrengig RNA template p. 32 p.G-19

  176. rho-factor: beïnvloed het tweede soort signaal dat in staat is de terminatie van transcriptie te veroorzaken p.58

  177. ribose: RNA bevat ribose i.p.v. deoxyribose

  178. ribosomaal RNA p.70

  179. ribosome: een groot complex van verschilende rRNA molecules en meer dan 50 proteïnes, samen in 1 grote en 1 kleine subeenheid, de plaats van translatie (proteïne-synthese) p.G-19

  180. ribosoom-bindingsplaats : RBS/ Shine Delgarnosequentie: sequentie in het mRNA die kan hybridiseren met de 16S RNA streng van de kleine ribosomale subeenheid (gebeurt dit --> translatie-initiatie bij prokaryoten) p.73-74

  181. ribozymen: RNAs met een enzymatische activiteit p.76

  182. ribozyme activiteit: reactie uitgevoerd door RNA nl. verbinding van Metionine van het tRNA op de P-site aan het nieuwe aminozuur (=reactie) p.75

  183. RNA : ribonucleïnezuur, lijkt sterk op DNA, toch zijn er belangrijke verschillen: RNA bevat ribose i.p.v. deoxyribose, bevat uracil i.p.v. thymine, is enkelstrengig maar kan wel een dubbele helix vormen, RNA strengen zijn korter dan DNA strengen/ lineair, enkelstrengig polymeer, bestaat uit ribose nucleotides. 3 types van cellulair RNA- mRNA, rRNA en tRNA- spelen verschillende rollen in proteïne-synthese p.51 p.G-19

  184. RNA polymerase: korte RNA fragmenten complementair maken aan enkelstrengig DNA bv. Primase/eiwitcomplex dat bij prokaryoten uit subunits bestaat/ enzyme dat 1 streng van het DNA kopieert om een complementaire RNA streng van te maken, door gebruik te maken van substrates ribonucleoside triphosphates p.25-54 p.G-19

  185. RNA polymerase I: staat bij eukaryoten in voor de transcriptie van rRNA genen p.55

  186. RNA polymerase II: staat bij eukaryoten in voor de transcriptie van genen die voor eiwitten coderen p.55

  187. RNA polymerase III: staat bij eukaryoten in voor de transcriptie van tRNA en snRNAs genen p.55

  188. rRNA: grote RNA molecule, structureel en functioneel component van ribosomes p.G-19

  189. sateliet-DNA:

  190. semi-conservatief: half-behoudend, als bij de replicatie van DNA één streng doorgegeven wordt, zegt men dat deze replicatie semi-conservatief is p.22

  191. serineprotease:

  192. S-fase p.G-3 (cell cycle)

  193. sigma-factor p.56

  194. sikkelcel anemie:

  195. sliding clamp: een eiwit kan een soort schuivende klem zijn (sliding clamp) om het DNA polymerase vast te houden, zodat het met het DNA geassocieerd blijft p.25

  196. SNAREs p.G-20

  197. SNPs:

  198. snRNAs: small nuclear RNAs: 1 van de vele kleine, stabiele RNAs die gelocaliseerd zijn in de nucleus. 5 snRNAs maken deel uit van het spliceosome en functioneren in splicing van pre-mRNA p.55 p.G-20

  199. snRNPs: small nuclear ribonucleoprotein particles, RNA componenten bestaande uit zeer korte fragmenten (behoren tot de complexen van de spliceosomen) p.66

  200. solenoide :

  201. Southern blotting: techniek om specifieke DNA sequenties op te sporen, DNA sequenties gescheiden door electroforese ‘by hybridization to a labeled nucleic acid probe’ p.G-20

  202. spliceosomen: voeren de splicing reacties uit, het zijn complexen die op hun beurt uit eiwit-RNA complexen bestaan/ groot ribonucleoproteïne complex die ‘assembles’ op een pre-mRNA en ‘carries out’ RNA splicing p.66 p.G-20

  203. splicing: proces van verwijdering van de introns (zijn vrij kort/in de kern) onmiddellijk na de transcriptie uit het primair transcript (deel van modificatie primair transcript) p.66

  204. SSBP: single stranded binding proteins, beschermen enkelstrengig DNA tegen afbraak p.25

  205. strand invasion: mogelijk mechanisme van herstel van dubbele strengsbreuken, maakt gebruik van het feit dat in diploïde cellen steeds twee homologe DNA-strengen aanwezig zijn… p.46

  206. Streptococcus pneumoniae: bacterie die longontsteking veroorzaakt, gebruikt in experimenten van Griffith p.9

  207. Streptomycine: bekend antibioticum, is geïsoleerd uit Streptomyces, bindt het 30S subunit en inhibeert zo de binding van het initiator tRNA aan de kleine subeenheid en induceert bovendien fouten tijdens de elongatie van translatie p.78

  208. sucrosegradiënt: aanmaak verschillende sucrosedensiteiten (concentratie-gradiënten) voor de densiteitscentrifugatie (om de verschillen in densiteit te meten tussen bv. bepaalde moleculen) p.7-8

  209. supernatans: bovenste oplossing materiaal verkregen door (differentiële ultra)centrifugatie, dit zijn de kleinere/lichtere celorganellen p.7

  210. TAFs: TBP-associated factors (12) vormen samen met TBP het TFIID p.60

  211. TATA-box: wordt herkend als startplaats voor het transcriptie-initiatie-complex waarvan men de componenten ‘general transcription factors’ is gaan noemen omdat ze voor alle RNA polymerase II-afhankelijke promotoren nodig zijn/ een sequentie in de promotor van vele eukaryote proteïne-coderende genen waar het transcriptie-initiatie complex ‘assembles’ p.59-60 p.G-21

  212. TBP: TATA-bindend proteïne, vormt samen met twaalf TBP-associated factors (TAFs) het TFIID p.60

  213. telomeer: bevindt zich aan elk uiteinde van eukaryote chromosomen, ze bestaan uit herhalingen van een korte sequentie, functies: zorgen dat er geen verlies van informatie is tijdens de replicatie + beschermen van de chromosoomuiteinden p.31-32

  214. telomerase: enzyme dat korte sequenties kan aanmaken, waarbij het gebruik maakt van een template die het zelf bevat, onder de vorm van een RNA keten. Aan het 3’ OH uiteinde van het enkelstrengig DNA wordt dus een korte sequentie gesynthetiseerd. Dit proces herhaalt zich. Het is een reverse transcriptase p.32

  215. template: het ‘voorbeeld’ DNA, nodig voor de synthese van RNA p. 54

  216. terminator-loop: eerste soort signaal dat de terminatie van transcriptie veroorzaakt, het bestaat uit een GC rijke haarspeldstructuur in het RNA, te wijten aan zelfcomplementariteit, gevold door een aantal Uracils. Door het vormen van de haarspeldstructuur geeft deze het signaal voor het RNA-polymerase om het DNA te verlaten (?) p.58

  217. Tetracyclines: bekende antibiotica, geïsoleerd uit Actinomyceten, blokkeert de binding van tRNAs aan de acceptorsite ter hoogte van het 30S subeenheid. Verschillende antibiotice afgeleid van tetracycline komen op verschillende plaatsten in het lichaam terecht en laten dus een gerichte behandeling toe van bacteriële infecties. Door de depositie van tetracyclines in tanden en bot zullen deze minder sterk zijn en fluoresceren bij UV-bestraling (vb. Aureomycine) p.78

  218. TFIIB: TF staat voor Transcription Factor, de II verwijst naar het RNA polymerase II en de bijkomende letter geeft de volgorde van ontdekking aan, deze general transcription factor is (net als alle anderen A --> I) nodig voor alle RNA polymerase II-afhankelijke promotoren p.59-60

  219. thymidine : wanneer een thymine verbonden is aan een ribose spreekt men van een thymidine p.13

  220. thymine : is een base, meer bepaald een pyrimidine, DNA bevat deze base + ook de basen: adenine, guanine en cytosine p.13

  221. thymine-dimeer:

  222. topoisomerase I: verwijdert de superwinding in het DNA die ontstaan is tijdens de replicatie net voor de replicatievork (samen met T II). T I relaxeert superwinding door één streng open te knippen, waardoor de andere DNA streng uit de helix vrij kan ronddraaien. Vervolgens wordt de streng terug gesloten. T I verbruikt geen ATP p.24

  223. topoisomerase II: verwijdert de superwinding in het DNA die ontstaan is tijdens de replicatie net voor de replicatievork (samen met T I). Bij prokaryoten wordt T II DNA gyrase genoemd, kan superwinding in een DNA helix introduceren. Beide DNA strengen in één dubbele helix worden verbroken, waarna een tweede helix door deze opening wordt gehaald. Daarna wordt de geopende helix terug hersteld. T II verbruikt wel ATP p.24

  224. transcriptie: proces waarbij er een ‘afschrift’ gemaakt wordt van het DNA (het gen) als er een bepaald eiwit moet worden aangemaakt, omdat de code niet rechtstreeks vanaf het DNA gelezen wordt. Het overschrijven van DNA naar RNA/ proces waarin 1 streng van een DNA molecule wordt gebruikt als template voor de synthese van een complementair RNA door RNA polymerase p.50 p.G-21

  225. transcriptie-activatiedomein p.59 ???

  226. transcriptie-initiatiecomplex p.59

  227. transductie:

  228. trans-esterificaties p.66

  229. transformatie: mogelijkheid van bacteriën om de dragers van eigenschappen (of genen) uit hun omgeving op te nemen (

  230. transgene dieren : dieren die slechts uit 1 ouderlijk dier zijn voortgekomen, door het inbrengen van een gekloond gen in dit ouderlijk dier ter vorming van een succesvol/vruchtbaar nageslacht (en generaties die er op volgen) p.G-22

  231. transitie: soort van mutatie die veel voorkomt nl. veranderingen van purine in purine of van pyrimidine in pyrimidine (vb. van puntmutatie) p.37

  232. translatie : vertaling van RNA in eiwit/ proteïne-synthese p.50-73-74-75-76 p.G-19

  233. translatie-elongatie p.74-75-76

  234. translatie-initiatie(complex) p.73-74

  235. translatie-terminatie p.76

  236. translocase: EF-G… p.75

  237. transversie: soort van mutatie die veel voorkomt nl. veranderingen van purines in pyrimidines en vice versa (vb. van puntmutatie) p.37

  238. tRNA : transport- of transfer RNA: brengen de aminozuren in een geactiveerde vorm naar het mRNA waar er polymeren van aminozuren (polypeptiden) ontstaan waarvan de aminozuurvolgorde bepaald wordt door het mRNA, ongeveer 80 nucleotiden lang (= 1 keten)/ een groep van kleine RNA molecules die functioneren als aminozuur-donors doorheen de proteïne synthese. Elke tRNA wordt gelinkt aan een specifieke aminozuur, ter vorming van een aminoacyl-tRNA p.67 p.G-22

  239. uracil : ontstaat door deanimatie van cytosine/RNA bevat als 1 vd 4 base uracil i.p.v. thymine p.43-51

  240. uracilglycosidase: het uracil DNA glycosylase dat uracil, ontstaan door deaminatie van cytosine, uit het DNA verwijdert, is een voorbeeld van zulk enzyme (DNA glycosylasen) p.43

  241. uridine : wanneer uracil verbonden is aan een ribose spreekt men van een uridine p.13

  242. variable nucleotide tandem repeats:

  243. virus: kleine intracellulaire parasiet die bestaat uit nucleic zuur (RNA of DNA) gehuld in een proteïnemantel, die enkel in de gastcel kan vermenigvuldigen p.G-23

  244. VNTRs:

  245. voortplanting: vermeerderen van leven door sexuele of a-sexuele voortplanting via ontwikkeling van eicellen of via afsplitsing p.3

  246. Western blotting: techniek om specifieke proteïnes op te sporen, proteïnes gescheiden door electroforese door gebruik van gemarkeerde antilichamen p.G-23

  247. Wobble: Wobble positie: hier kunnen verschillende basen voorkomen, terwijl de codons toch voor hetzelfde aminozuur coderen p.62

  248. Xeroderma pigmentosum: mensen met deze ziekte zijn zeer gevoelig aan zonlicht en ontwikkelen zeer snel huidontstekingen en huidkanker op die delen van de huid die aan zonlicht zijn blootgesteld. In echter volledige duisternis zijn ze veilig. De afwijking is aangeboren en genetisch bepaald. Er zijn zeven complementatie-groepen (onderverdelingen) o.w.v. zever eiwitten die tussenkomen bij het nucleotide excision repair systeem (nodig voor herstellen van thymine-dimeren) p.44

  249. zymogen:

  250. 5’ uiteinde van DNA:

  251. 5’ naar 3’ polymerisatie:










De database wordt beschermd door het auteursrecht ©opleid.info 2019
stuur bericht

    Hoofdpagina